Dana 13. jula 1995. godine pripadnici Drugog odreda Specijalne policije Šekovići sproveli su oko 1.000 gladnih, žednih, ranjenih i iscrpljenih srebreničkih muškaraca i dječaka sa livade u Sandićima do Zemljoradničke zadruge u Kravici, gdje su ih potom ubili koristeći automatsko oružje i eksplozivne naprave. Tokom prvostepenog postupka utvrđeno je da je Miloš Stupar bio prisutan u Sandićima.

Međutim, u septembru 2009. godine Apelaciono vijeće Suda BiH ukida prvostepenu presudu u odnosu na Miloša Stupara, pozivajući se na „bitnu povredu krivičnog postupka“. Apelaciono vijeće navodi da iz izreke presude nije jasno da li je Stupar oglašen krivim kao saučesnik ili kao saizvršilac krivičnog djela genocida, što je, prema njihovom stavu, u suprotnosti s konceptom komandne odgovornosti. Također je zaključeno da izreka presude ne sadrži dovoljan činjenični opis djela, zbog čega je proglašena nerazumljivom i kao takva neispitljivom, te je naloženo ponavljanje postupka.

Ovakav zaključak Apelacionog vijeća implicira da prvostepena presuda nije sadržavala osnovne elemente koje zakon zahtijeva, što otvara ozbiljna pitanja profesionalne odgovornosti nosilaca pravosudnih funkcija. Ipak, za ovaj propust nisu snošene nikakve disciplinske ili druge posljedice.

U ponovljenom, drugostepenom postupku Sud BiH donosi oslobađajuću presudu za Miloša Stupara. Sudsko vijeće zaključuje da on u relevantnom periodu nije bio komandant Drugog odreda Specijalne policije Šekovići, te da sama činjenica da je neko imao čin ili formalnu titulu nije dovoljna da bi se utvrdio odnos nadređenosti. Posebno se naglašava da je za primjenu doktrine komandne odgovornosti nužno dokazati postojanje efektivne kontrole nad počiniocima krivičnih djela.

Pri tome sudsko vijeće navodi da „znatan uticaj na podređene, koji ne doseže prag efektivne kontrole, ne predstavlja osnov za krivičnu odgovornost“, čak i u situacijama kada su osobi formalno povjerena komandna ovlaštenja. Ovakav pristup je u suprotnosti s argumentacijom koja je prihvaćena u prvostepenom postupku, a koja se oslanjala i na međunarodnu sudsku praksu, prema kojoj se od imenovanih rukovodilaca očekuje stvarno vršenje funkcije, a ne puko formalno zauzimanje položaja bez odgovornosti.

Drugostepeno vijeće dodatno prihvata tezu da postoji „veliki stepen vjerovatnoće“ da je Miloš Stupar usmeno razriješen dužnosti komandanta još u junu 1995. godine, iako je tek 13. augusta 1995. godine formalno raspoređen na drugo radno mjesto. Pri tome se navodi da radna knjižica i službena evidencija, same po sebi, „ne mogu biti apsolutan dokaz“ njegove komandne funkcije.

Posebno zabrinjava činjenica da je sudsko vijeće povjerenje poklonilo iskazu Ljubomira Borovčanina, pravosnažno osuđenom za ratne zločine, koji je u drugostepenom postupku tvrdio da je Stupar smijenjen u junu 1995. godine, iako je u ranijoj izjavi tokom istrage naveo suprotno. Ovu kontradikciju Borovčanin je obrazložio tvrdnjom da se ranije „zbunio“.

Na ovaj način, zaključci prihvaćeni u prvostepenom postupku u potpunosti su odbačeni u drugostepenom, dok su ranije odbačene teze postale osnova oslobađajuće presude.

Činjenica da je Miloš Stupar danas slobodan građanin Bosne i Hercegovine nameće ozbiljna pitanja o dosljednosti, odgovornosti i kredibilitetu pravosuđa u procesuiranju zločina genocida. Ovakve sudske odluke ne predstavljaju samo pravni, već i duboko društveni i moralni problem, jer dodatno produbljuju nepovjerenje žrtava i javnosti u institucije koje bi trebale osigurati pravdu, odgovornost i očuvanje sjećanja.